1. 原則は「評価損は認めない」
法人税法の考え方では、資産を保有しているだけで含み損が生じても、売却などで実現しない限り損失とは認めないのが原則です。株価が下落しても、実際に売却するまでは「まだ損失が確定していない」という発想です。しかし、これでは実態とかけ離れた帳簿価額のまま課税されることになり不合理なため、一定の要件を満たす場合に限り、例外的に評価損の損金算入が認められています。
2. 上場株式（市場有価証券等）の要件 ― 「50%＋回復見込みなし」
取引所に上場されている株式など、市場価格のある有価証券（企業支配株式に該当するものを除く）は、次の両方を満たす場合に評価損を計上できます。
- 事業年度終了時の価額が、その時の帳簿価額のおおむね50%相当額を下回ったこと
- 近い将来、その価額の回復が見込まれないこと
実務メモ：実務で最も悩ましいのが、後半の「回復見込みなし」の証明です。国税庁のQ&Aでは、過去の市場価格の推移・市場環境の動向・発行会社の業況等を総合的に勘案した合理的な判断基準を法人自身が示せれば、その基準は尊重されるとしています。ただし画一的な基準は存在しないため、「必ず2年間50%以上下落し続けなければ認められない」わけではない一方、単に「株価が下がったから」というだけでは根拠として弱く、税務調査で否認されるリスクが残ります。会計上は減損したものの、税務上はこの証明が難しく、自己否認（申告書で加算調整）して処理する会社も少なくありません。
3. 非上場株式の要件 ―「発行会社の資産状態の著しい悪化」
市場価格のない非上場株式は、上場株式とは異なる基準で判定します。その株式を発行する法人の資産状態が著しく悪化したため、価額が著しく低下したことが要件で、具体的には発行会社の1株あたり純資産価額が、取得時と比べておおむね50%以上下回った場合などが該当します。子会社株式の評価損を検討する際に特に問題になりやすい論点で、単なる業績の悪化だけでなく、純資産ベースでの明確な毀損が必要とされる点で、上場株式の判定（市場価格ベース）とは性質が異なります。
4. 法的整理があれば評価損計上が明確に認められる
発行会社について会社更生法・民事再生法の手続開始決定があった場合など、法的な整理手続に入った事実があれば、資産状態の著しい悪化の判定において明確な根拠となり、評価損の計上がしやすくなります。更生計画認可決定・再生計画認可決定に伴い、それぞれの法律の規定に従って評価換えをする場合は、確定申告書に評価損に関する明細（別表14(1)）の記載と関係書類の添付を条件に、評価損の計上が認められています。
5. 完全支配関係のあるグループ会社株式には制限がある
留意すべき例外として、完全支配関係がある子会社で清算中の法人等の株式や、グループ通算制度における他の通算法人の株式（通算親法人等を除く）に対して計上する評価損は、損金の額に算入されません。100%グループ内の資本関係の整理においては、株式評価損を使った租税回避的な処理を防ぐため、あえて損金算入が制限されている点に注意が必要です。
6. 実務のポイント
保有株式の含み損が拡大している場合、会計上の減損処理と税務上の損金算入要件は必ずしも一致しません。特に子会社株式・関連会社株式は、発行会社の決算内容（純資産の推移）を継続的に把握しておくことが、評価損計上の判断材料として重要になります。
保有する有価証券に含み損が生じている場合、税務上の評価損計上の可否についてご不明な点があれば、決算前にお気軽にご相談ください。